2015年11月25日，上海市政府公布《加快推进中国（上海）自由贸易试验区和上海张江国家自主创新示范区联动发展实施方案》，10项试点事项正在稳步推进，有些事项已经形成了阶段性成果。“双自联动”是上海自贸试验区扩区后提升功能的关键之举。以自贸试验区的理念和制度创新推动科技创新中心建设与国际通行规则接轨，反之以科技创新作为自贸试验区建设的一大支撑，并通过科创中心的相关政策来突破自贸试验区的一些难点，从而推动制度创新与科技创新的联动。
一、“双自联动”的内涵及创新试点
“双自联动”是指上海自贸试验区和上海张江国家自主创新示范区联动发展。上海自贸试验区面积120.7平方公里，张江国家自主创新示范区面积531平方公里，两大国家战略有约65平方公里的叠加区域。“双自”园区的交错融合，为创新政策叠加、体制机制共用、服务体系共建提供了机遇。建设全球科技创新中心，是上海实现创新驱动发展的主要载体。“双自联动”的实施，为打造张江国家科学中心、建设科创中心核心区创造了有利条件。
“双自联动”方案提出10项创新试点，分别是：探索完善高新技术企业和技术先进性服务企业认定管理办法；开展创新药物上市许可持有人制度试点；建设国际化创新创业孵化平台；探索运用电子围网等方式创新保税研发模式；建立张江空运货物服务中心；推进集成电路全产业链保税监管模式；探索开展进口高端装备再制造试点；探索境外风险投资基金直接投资境内创新企业；完善研发技术服务的非贸付汇政策；建设面向国际的知识产权交易服务平台。
二、“双自联动”的思路是什么？
一是借鉴国际通行规则。打造国际化营商环境是自贸试验区的主要任务。2015年下半年，接轨国际的药品上市许可人制度在上海等十个省市试点，这项试点的基础是制药合同生产（CMO），位于张江的跨国药企勃林格殷格翰正是国内首个开展CMO的试点企业。
“没有开展CMO之前，每个新药研发企业要获得药品批文，必须自建工厂，而不能委托给其他企业生产。这等于说当一个家庭想要孩子的时候，必须证明自己有养孩子的能力。”勃林格殷格翰生物药业中国公司总经理罗家立说，如此一来不仅造成巨大的重复建设和资源浪费，还使得张江等新药研发活跃区域的产业化困难重重。
借助“双自联动”的东风，药品上市许可人制度不但在张江落地，而且很快进入实施阶段。目前勃林格殷格翰与合作方建设的生物医药制造基地已有中试车间投入运营，首个试点产品是国内药企百济神州自主研发的抗肿瘤新药。
二是借助自贸试验区的保税优势。集成电路是国家重点扶持的产业，也是张江高科技园区的支柱产业。但集成电路在国内发展的一个重要瓶颈，是进出口环节增值税税负较高，会占用企业一大笔流动资金。
在海关总署支持下，“十二五”初期张江启动了集成电路设计企业的保税监管试点，仅参与试点的展讯通信一家，减少资金占用数百万美元。自贸试验区扩区后,保税监管试点迎来“升级版”，从设计企业延伸到芯片制造企业、封装测试企业等全产业链，为集成电路企业带来的减负效应将更加明显。
三是以制度创新推动科技创新。制度创新是自贸试验区的核心使命，尤其是在政府职能转变和管理创新方面。以口岸管理为例，原来货物进口，先要到海关清关，再到检验检疫部门去检验，每一次移动都是成本。为解决这个问题，“双自联动”方案提出，在张江建立关检联合服务中心,对进出口企业实施一次申报、一次查验、一次放行，整体通关时间有望从原先的2-3天缩短为6-10小时。口岸管理创新的要点，就是由货物去见监管人员，变成监管人员去见货物，从而方便企业的跨境研发活动。这对医药企业尤为重要，因为很多进口试剂都是低温保存，并且时限较短。
三、“双自联动”的进展情况
上海自贸试验区管委会、浦东新区政府和张江高新区管委会建立了紧密的工作推进机制，积极推动“双自联动”工作的开展。
第一，“加快推进药品上市许可人制度试点”取得突破性进展。2015年11月5日，全国人大常委会同意授权国务院在部分地方开展药品上市许可持有人制度试点。作为试点城市之一，张江率先在全国推进生物医药的药品上市许可人制度试点。依托勃林格殷格翰等企业作为生物制药和合同生产平台，开展首个试点。同时，上海正在筹备出台试点风险保障资金实施意见，为这项试点的顺利开展推进保驾护航。
生物医药是张江的主导产业之一，特别是在国内生物医药研发创新方面具有无可替代的优势。代工企业接受制药公司委托生产药品是国际通行的做法，但国内现行法规却要求药品上市许可与生产许可实行捆绑管理，这就导致张江的很多医药企业要么流失到外地投资搭建厂房，要么卖掉新药成果赚取微利。如今借助药品上市许可人制度试点，将有效推动中国本土医患需要的创新药物的研发和上市，中国患者能更快得到安全，且价格可承受的的药物。
第二，“建立符合国际惯例的科技创新型企业培育机制”取得阶段性成果。此项试点已在2015年二季度启动，这项创新试点给予“双自”区域更大认定自主权，并让符合标准的企业获得更多真金白银的财力支持。国家层面已经确定要进一步完善高新技术企业认定办法。下一步，上海自贸试验区将积极配合国家有关部门做好相关工作，支持符合创新转型发展导向的企业申报认定为“双自”区域高新技术企业和技术先进型服务企业，并享受一定的财政扶持。帮助科技创新型企业建立上市通道和优先获得融资服务。
第三，张江关检联合服务中心建设稳步推进。张江园区企业的空运进口货物具有批次频、价值高、产品结构特殊、贸易背景复杂等特点，对通关时限、货物查验、存放条件等都有较高要求。目前，企业空运进口货物自航班落地到送达仓库用时约2-3个工作日，口岸无法有效解决快速通关、高效查验、个性化存放等问题。
上海自贸试验区正在筹划建立“张江关检联合服务中心”，将实现关检合作“三个一”，即一次申报、一次查验、一次放行，通关时间有望从原先的2-3天缩短为6-10小时。同时，海关、检验检疫部门将以“中心”为载体，开展预归类、预审价、原产地预确定等前沿业务，率先试点集中汇总征税等系列改革措施，将大大提升贸易便利化水平。目前机场集团已开始办理海关、国检监管场所报批手续，预计2016年试运营。
第四，集成电路产业保税监管试点全面启动。张江已初步集聚国内规模最大、技术水平高、产业链较完整的集成电路产业群。但是，张江集成电路产业在发展过程中面临着产品增值税税负较高这个瓶颈问题。在国家海关总署的支持下，2011年底张江启动了以设计企业为龙头的集成电路产业链保税监管试点，鼓励园区集成电路设计企业将销售、利润留在国内，目前已有4家企业参加试点。
四、“双自联动”获得国家部委支持
“双自联动”工作也得到了国家相关部委的大力支持，发布了一系列支持上海科创中心建设和“双自联动”发展的重要政策文件。
1.2015年6月，公安部推出了支持上海科技创新中心建设的12条出入境政策措施。
2.2016年1月，国家税务总局出台了10项支持上海科技创新中心建设的举措，助力“双自联动”发展。其中“试点内外贸税收征管一体化”、“实施减免税政策‘清单制’”等试点措施聚焦政府职能转变和治理效能提升，将进一步激发企业创新发展的活力。
3.2016年2月，国家发改委、科技部批复同意，建设上海张江综合性国家科学中心。两部委同意上海以张江地区为核心承载区建设综合性国家科学中心，作为上海加快建设具有全球影响力的科技创新中心的关键举措和核心任务，构建代表世界先进水平的重大科技基础设施群，提升我国在交叉前沿领域的源头创新能力和科技综合实力，代表国家在更高层次上参与全球科技竞争与合作。根据规划，到2020年，张江要基本形成综合性国家科学中心基础框架。为此，将重点开展四个方面工作：建立世界一流重大科技基础设施集群；推动设施建设与交叉前沿研究深度融合；构建跨学科、跨领域的协同创新网络；探索实施重大科技设施组织管理新体制。
根据计划，上海将在张江集中规划和建设国家重大科技基础设施集群。目前，光源一期、蛋白质科学设施、超算中心等大科学设施建设完成，海底观测网等新一批项目落户上海，光子科学与技术国家实验室正抓紧筹建。同时，脑科学、新材料等前沿研究和航空发动机、集成电路装备、高温超导、北斗导航等重大战略项目加快突破，大飞机、大硅片、高端医疗器械等产业化项目持续推进。