2015年4月21日，中国(广东)自由贸易试验区正式挂牌成立。挂牌仪式上，广东省领导向横琴国际知识产权交易中心有限公司等 5家横琴企业颁发首批载有工商注册号、组织机构代码、税务登记号的“三证合一”营业执照,横琴行政审批制度改革进入新的阶段，标志着横琴制度创新试验田功能开始显现。为推行“三证合一”登记,自贸试验区横琴片区出台了由横琴新区工商局牵头起草的《广东自贸试验区横琴片区企业“三证合一”登记管理试行办法》（以下简称“《办法》”）。
根据《办法》，“三证合一”登记制度是指在不改变工商、质监、国税和地税部门审批职能、不改变原有证号编码规则的前提下，实行数据共享、联动审批，将组织机构代码证、税务登记证和营业执照合一，核发加载工商注册号、组织机构代码和税务登记号的营业执照，一照三号，不再单独核发组织机构代码证和税务登记证的登记制度。
横琴“三证合一”登记制度具有三大特点：一是办理模式实行“五个一”。“五个一”指“一个平台、一张表单、一个窗口、一份材料、一个证照”，即申请人通过一个统一网上办事平台填录一张综合表单并提交申请，工商、质监和税务部门通过该网上办事平台进行预审，预审通过后，申请人向一个综合窗口提交一份申请材料，综合窗口正式受理并由各部门实行联动审批，最后由综合窗口于受理后2个工作日内发放一个“三证合一”营业执照。二是办理流程实行“四个网上”：“网上申请、网上联办、网上审批、网上办结”，即申请人可在网上申请办理，工商、税务、质监部门在网上同时受理、审批、办结同一业务。三是后台管理实现 “三个同步”：数据同步共享、审批同步进行、信息同步推送，即同一申请人办理的业务，工商、税务、质监部门共享业务信息，同步进行审批业务，相互间的审批信息同步推送。
“三证合一”登记是广东自贸试验区横琴片区深化商事制度改革、推进政府职能转变和服务创新的重要举措，是行政审批制度改革的关键环节，为最终实现“一照一号”奠定坚实基础，具有多方面的优势。一是企业注册和办事的便利度得到了极大提升。“三证合一”登记推行后，登记申请部门减了、申请资料少了，审批程序简单了、流程少了。改革后，企业所需要提交的材料，由原来的3份不同的申请材料，缩减到1份申请材料；企业需直接面对的部门，由原来的3个部门减少为1个部门，最长2个工作日内便可拿到“三个证照”，进一步提高了审批效率，缩短了办事时间，减轻了企业负担。二是优化了审批流程，提高了政府公共服务效能。“三证合一”登记使原来的工商、质监、税务部门独立审批，变为工商、质监、税务部门联动审查材料和登记事项，各部门审批流程均实行限时办结，政府审批效能水平领先全国。三是创新了监管方式，强化了事中、事后监管。“三证合一”登记的推行，实现了审查结果和登记事项互认、互通、共享，在加强税收征管、实施信用惩戒、严格市场退出等方面，强化了部门联动，有效杜绝了监管盲区，为构建大监管体系进行了有益探索。
结合市场经营违法行为提示清单等创新措施，“三证合一”登记将进一步凸显自贸试验区横琴片区的创新优势，进一步释放改革红利、进一步激发市场活力，助力广东自贸试验区横琴片区营造更加宽松、更加开放的国际化、法制化、市场化营商环境。
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