福建自贸试验区挂牌一年以来，福建检验检疫部门不断先行先试、简政放权、改革创新，福建省已公布6批126项创新举措，涉及检验检疫共29项，其中13项被评估为全国首创；3批50项可复制推广创新成果中，涉及检验检疫共11项。其中，“改革原产地签证管理”“创新跨境电子商务高效便捷监管模式”两项创新举措，拟在全国复制推广。“单一窗口”案例成为商务部2015年自贸试验区8个“最佳实践案例”之一，并向全国推广。
一
为了在福建自贸试验区营造一流营商环境，福建检验检疫部门全力提升口岸监管效能。
推进“单一窗口”建设。福建省“单一窗口”获质检总局授权，接受进出口商品检验检疫申报，信用B级以上企业可全部在网上办理相关检验检疫手续，极大地减少办理手续往返次数，各单位数据共享，减少30%的重复申报项目，全程实现无纸化。
全力推进福建省“电子口岸”建设。国际航行船舶代理企业一次申报即可将相关信息发送给检验检疫、海事、边检、海关等联检部门，实现“申报后即时批复、查验后即时放行”和联检部门“信息互换、监管互认和执法互助”。受惠船舶每年2万艘次，平均申报时间由原来的1小时缩短为20分钟，申报材料电子化，节约业务办理时间约4个小时。
着力建设“一站式查验场”。设立17个关检协作“一站式查验场”，覆盖福建省主要口岸，实现双方监管场所设施、查验设备、技术力量等资源的有效共享，减少通关时间近24小时；关检部门对进口台湾水果、废物原料试点“监管互认”，海关直接认可检验检疫部门出具的品名、数重量检验结果，通关时间缩短1天至2天。
推进“两证合一”。福建检验检疫部门和福建省商务厅共同推进检商数据共享，实现“两证合一”。
二
为凸显福建自贸试验区对台特色，福建检验检疫部门实行“源头管理、口岸验放”，该措施主要针对台湾输大陆食品、水生动物及水果，检验放行时间将从原来的5天至7天缩短到1天至2天。
为早日实现“一张证书、两岸互认”，福建检验检疫部门与台湾地区就检验检疫电子证书数据互传互换互查。建立与台湾关贸网的两岸数据交换通道并完成技术对接测试，完成首单动植物检疫证书互查，实现两岸直航船舶信息和电子原产地证等两岸监管信息互换。
福建检验检疫部门率先对台采信第三方检测结果。建立与台湾第三方食品安全验证机构的交流与沟通机制，赴台完成进境石斑鱼、观赏鱼体系评估及企业注册。福建检验检疫局与台湾财团法人全国认证基金会（TAF）以及标准检验局（BSMI）就证书互认、标准等效性评估等开展合作，探索建立“登记公示+事中监管+事后追责”的第三方检验机构监管机制。目前，已采信台湾小家电、酒类产品、纸尿裤、食品接触产品等消费品认证和检验检测结果。
为便捷两岸人员、车辆往来，福建检验检疫部门简化两岸客轮检疫管理程序，降低电讯检疫实施要求；支持海峡邮轮经济圈发展，实施公共卫生分级方案管理；创新航空器检疫模式，保障空港口岸“7×24小时”通关运营；为入闽台车量身定做交通运输工具快速防疫消毒系统，对入境台湾车辆实施不停车、全自动、全方位的车表消毒处理，一次性并联查验，快速放行。
三
福建检验检疫部门全力推进业务流程再造，对进境分拨货物、石材实施报检前集中查验，改串联操作为并联操作；对进境空箱实施“免移箱吊箱查验模式”，缩短滞港时间；对进口同批次的食品试行“空检海放”，空运食品合格后海运食品快速验放，婴幼儿奶粉等货物通检时间由原来的1个月缩减至1周以内；实施“一日游”货物监管新模式，符合条件的货物不再进行查验。
简化原产地证申领手续。取消企业注册改为备案、取消年审、取消纸质材料审核、实现全程无纸化，推行通报通签、零见面签证等8项创新措施。2015年签发优惠原产地证书26.2万份，为企业获关税减免5.6亿美元。同时，推进检验检疫一体化工作，将个人自用邮件、快件进口直通晋江陆地港。
福建局在福建自贸试验区试点推进“多证合一”改革，将检验检疫部门对企业发的所有资质类证明文件合并在一张证明文件上，向福建省11家进出口企业颁发了涵盖所有资质信息的出入境检验检疫企业登记备案证。
四
为支持跨境电商产业发展，福建检验检疫部门推动跨境电商公共管理平台正式上线运行，联检监管部门充分利用查验设施同步同屏实施查验，实现“电子申报+电子审单+同屏比对+即查即放”的监管新模式，合格商品6秒内快速验放。
为支持生物医药产业发展，福建检验检疫部门简化审批程序，实施无纸化审批，延长审批有效期限，实施风险分级管理，采取差别化监管措施，降低查验比例。
为支持中国-东盟海产品交易所建设，福建局对东盟进口水产品实施“统一申报、集中查验、分批核放”检验检疫快速通关模式，平均每个集装箱提速1.5天，节约500元费用。同时，该局全力服务自贸试验区平行汽车进口产业发展，对进口汽车实施“分线管理+验证整改+事后监管”，提出“稳速、降费、提效”的新举措，至2016年3月底已放行529批次、44890辆汽车。
