一、先进区、后报关制度。在海关特殊监管区域境外入区环节，允许经海关注册登记的区内企业凭进境货物的舱单等信息先向海关简要申报，并办理口岸提货和货物进区手续，再在规定时限内向海关办理进境货物正式申报手续。（1）有效解决目前一线货物先报关再入区模式下货物入区慢、物流成本高、申报不准确的问题。（2）据测算，企业进境货物从港区到区内仓库时间平均从2-3天缩短至半天，企业物流成本平均降低10%。
二、区内自行运输制度。经海关注册登记的区内企业，可以使用非海关监管车辆，在不同特殊监管区域、保税物流中心之间自行运输货物。1、有效解决原有转关运输方式手续繁琐、物流成本过高的问题，大幅节约企业物流成本和通关时间。2、据自贸区试点测算，企业因此一年节约物流成本约20万元。
三、加工贸易工单式核销制度。海关与实行ERP系统管理的生产制造企业进行联网，通过实时采集企业每次实际投料的作业工单数据和企业进出库的申报数据，对企业生产进行定量、动态监管，实现海关库存数据与企业实际库存数据自动比对。（1） 可有效解决之前备案变更多、报关数量多、核销确认差异难且时间长的难题。（2）实现海关动态实时准确核算、即时计算核销结果，企业库存差异认定时间从原来的约一两个月减少到一天，节省企业申报时间。（3）为区内维修和研发等新型的业务类型提供了与之相适应的核销模式。
四、保税展示交易制度。允许区内企业在物理围网以外场所进行保税展示交易，企业可按照经营需要进行物流配送，已销售货物在规定时限内进行集中申报并完税，有利于帮助企业降低物流成本和终端售价，加快物流运作速度。据运营方测算，由于海关允许商品在保税状态下出区进入展示平台，并可零售和事后集中申报纳税，减少了中间环节和税费成本，其保税展示交易货物售价可比国内市场相同商品优惠20%至30%。
五、境内外维修制度。区内企业对来自境外、境内需进行维修处理的货物进行维修并复运出境、出区。(1)解决目前模式下仅能进行“两头在外”维修的业务局限性以及维修业务规范不明确的问题。(2)有利于拓展区内维修业务范围，促进高技术、高附加值、无污染的境内维修业务发展，推动加工制造向研发及检测、维修等生产链高附加值的前后两端延伸，促进加工贸易转型升级。
六、期货保税交割制度。以特殊监管区域内处于保税监管状态的货物作为期货交割标的物的一种销售方式。进一步促进我国期货贸易的发展，促进形成我国大宗商品定价机制。
七、融资租赁制度。允许符合条件的区内企业开展融资租赁业务，区外承租企业对融资租赁货物按照海关审查确定的每期租金分期缴纳关税和增值税。在区内开展融资租赁业务，将物流运输、金融允许符合条件的区内企业开展融资租赁业务，区外承租企业对融资租赁货物按照海关审查确定的每期租金分期缴纳关税和增值税。服务、创新优势以及海关特殊监管区域保税功能优势相结合，有利于促进金融创新，带动当地经济发展，有利于吸引融资企业的回归，增加国家的税收。
八、批次进出、集中申报制度。允许区内企业与境内区外企业分批次进出货物，先凭核放单办理货物的实际进出区手续，再在规定期限内以备案清单或者报关单集中办理报关手续。（1）可解决企业通关效率低、成本高、审核时间长的难题。（2）扩大企业申报自主权，大幅减少企业申报次数，加快企业物流速度，有效降低通关成本。（3）方便企业开展保税展示、保税维修等业务，提升企业竞争力。
九、简化无纸通关随附单证制度。对一线进出境备案清单以及二线进出区报关单取消部分随附单证，简化进出区通关手续。进一步简化了企业报关手续，提高通关作业自动化率，大幅提升通关效率。
十、简化统一进出境备案清单制度。将现有特殊监管区域备案清单格式中的申报项数简化统一为30项申报项。实现规范简捷申报，有利于减轻企业负担，提高企业一线进出境通关效率。
十一、内销选择性征税制度。区内企业生产、加工并经“二线”销往境内区外的货物，企业可以根据其对应进口料件或实际报验状态，选择缴纳进口关税。企业可根据需要自主选择内销货物按进口料件或按实际报验状态缴纳进口关税，达到减少税负、降低成本的目的，有利于企业扩大内销，提升区内生产企业的竞争力，吸引更多生产企业入区。
十二、集中汇总纳税制度。经审核符合条件的进出口纳税义务人，海关对其一段时期内多次进出口产生的税款集中进行汇总计征。在有效担保的前提下，实行先放行后征税，企业在一个月内对已放行的货物集中支付税款，从而实现货物的高效通关，缓解企业资金压力，降低企业纳税成本，有利于激发市场主体的活力。据测算，应税货物通关时间可节省70%。
十三、仓储企业联网监管制度。海关对使用WMS系统的仓储企业实施“系统联网、库位管理、实时核注”，实现对货物进、出、转、存情况的实时掌控和动态核查。
（1）有效解决目前海关系统与企业仓储管理系统不联网而导致的一系列问题。（2）简化企业申报流程，便于企业实现不同状态货物的同库仓储经营，提高物流运作效率，降低企业运营成本，适应企业内外贸一体化的需求。
十四、智能化卡口验放制度。升级改造特殊监管区域、保税监管场所卡口设施，实现车辆过卡自动比对、自动判别、自动验放等智能化管理。改变以往“车辆、货物进出人工办理手续，效率较低”的情况，大幅缩短车辆过卡时间，提升通关效率。