作为我国改革开放和创新发展的两大核心载体，自贸试验区和全球科技创新中心齐聚上海，使得上海承担的国家战略使命更加凸显。上海自贸试验区建设启动以来，在构建与国际接轨的通行规则和全面深化改革开放上大胆先行先试，取得了一揽子制度创新成果，这将对上海全球科技创新中心建设产生重要的促进作用。上海建设具有全球影响力的科技创新中心可充分借鉴自贸试验区建设的做法，在构建有利于科技创新的体制机制上大胆探索，实现两者的联动发展。
一是利用自贸试验区贸易便利化制度，加快推进跨境研发便利化。一方面，促进研发要素通关便利化。发挥自贸试验区“先进区、后报关”等海关监管制度、“动植物进境负面清单审批管理”等检验检疫创新举措的作用，推动企业开展研发活动所需的进口设备设施、原材料、动植物标本等 能更快更便捷地进入实验室，鼓励企业开展跨境 研发活动。另一方面，推动企业保税研发。利用自贸试验区保税研发政策，对区内研发企业进口所需的机器、设备、原材料等货物予以免税，降低 企业研发成本。
二是利用自贸试验区投资便利化制度，推动创新资本跨境流动便利化。鼓励并购国外优质科技企业。要把握自贸试验区境外投资管理体制改革机遇，简化跨境并购审批流程，推动上海企业开展对国外优质科技企业并购，加快提升企业创新能级。同时，拓宽科技企业融资渠道。要利用自贸试验区允许境外人民币借款等政策，鼓励科技企业境外融资，降低科技企业融资成本，破除中小型科技企业融资难、融资贵瓶颈。
三是依托自贸试验区促进外资的技术溢出。自贸试验区把开放措施从服务业领域进一步拓展到制造业领域，尤其是汽车电子、航空发动机等领域研发设计方面的对外开放。这些开放措施有利于引进高新技术领域的外资，促进外资的技术溢出和技术扩散。在此背景下，上海全球科技创新中心建设可有序选择高新技术行业对外资开放，利用外资技术溢出效应，加快培育相关技术和产业的发展。
四是发挥自贸试验区先行先试作用，加快建立与国际接轨的科技创新制度体系。依托自贸试验区破除制约“四新”产业发展的制度瓶颈。“四新”产业属于新生事物，无法在传统产业中找到对应的同类项，可能导致“四新”企业被不合理的政策捆住手脚。上海科技创新中心建设可依托“双自”创新平台，探索业态创新、高科技产业化等更为“宽容”的创新创业环境。依托自贸试验区破除国际创新要素流动的制度瓶颈，大力推进开放式创新。比如，探索建立国际人才流动的便利化措施，吸引更多的国际优秀人才在上海发展，真正使上海成为全球创新人才集聚的高地。
五是加强自贸试验区与张江国家自主创新示范区的物理空间“双自”效应联动。上海自贸试验区是全国４个自贸试验区中唯一一个与国家自主创新示范区结合在一起的自贸试验区。要充分利用这一优势，在上海自贸试验区扩区以后与张江自主创新示范区叠加部分，形成你中有我、我中有你的格局，“双自”双向 直接联动，以自贸试验区先行先试优势直接带动科技创新体制机制突破，以建设自主创新示范区深化自贸试验区改革。同时，实现“双自”覆盖区 域的体制机制改革优势以及创新成果在全市无缝对接，直接复制推广，推动上海科技创新从跟随真正迈向引领。全市科技创新中难以突破的创新需求也可以通过“双自”叠加区的先行先试来进行探索。