2016年，中国（上海）自由贸易试验区建设总体实现三年预期目标，制度框架基本形成，累计100多项制度创新成果在全国复制推广，区内新增企业4万家，超过挂牌前20多年的总和。科技创新中心建设成效显现，预计全社会研发经费支出相当于全市生产总值的比例达到3.8%，每万人口发明专利拥有量从上年的29件提高到35件，技术合同成交额增长16.2%。
2016年
一是坚持制度创新、系统集成，全面深化以自贸试验区建设为重点的改革开放，着力构建法治化、国际化、便利化的营商环境
持续推进自贸试验区制度创新。启动市场准入负面清单制度试点，深化外商投资管理、境外投资管理和商事制度改革，确立以负面清单管理为核心的投资管理制度。实施国际贸易“单一窗口”2.0版，推动货物状态分类监管试点扩大到物流贸易型企业，深化“三互”大通关建设改革，确立符合高标准贸易便利化规则的贸易监管制度。推出金融综合监管试点等一批实施细则和创新案例，实施自由贸易账户功能拓展等一批改革举措，确立适应更加开放环境和有效防范风险的金融创新制度。制定实施自贸试验区和浦东新区事中事后监管深化方案，开通企业信用信息公示系统，确立以规范市场主体为重点的事中事后监管制度。
加快推进重点领域改革。制定实施国有企业混合所有制改制的操作指引，基本完成企业集团公司制改革，实现国有金融企业的国资统一监管，规范国资流动平台运作，75%的国有资产集中到战略性新兴产业、先进制造业、现代服务业、基础设施和民生保障等领域。宝武集团在沪成立。探索政府和社会资本合作模式，设立中小微企业政策性融资担保基金。实施市场主体“五证合一、一照一码”、个体工商户“两证整合”登记制度改革。
进一步扩大对内对外开放。在“一带一路”沿线地区实施一批重点合作项目，进一步支持企业走出去。制定外贸稳定增长、加工贸易转型、服务贸易发展等政策措施，启动跨境电子商务综合试验区建设，服务贸易进出口额比上年增长15%。完善总部经济发展政策，新增跨国公司地区总部45家。积极落实长江经济带、长三角城市群发展规划，帮助对口支援地区精准扶贫、精准脱贫。
二是致力于构筑“四梁八柱”，聚焦体制机制改革，加快建设具有全球影响力的科技创新中心
增强科技创新能力。张江综合性国家科学中心建设方案、上海系统推进全面创新改革试验方案先后获国家批准实施，基本确立科技创新中心建设的重大布局。组建上海张江综合性国家科学中心理事会，编制张江科学城规划，启动建设上海光源二期、超强超短激光等重大科技基础设施，实施脑科学、材料基因组等重大科技项目。建设创新集聚区，推动大众创业、万众创新，各类众创空间达到500多家，90%以上为社会力量创设。
创新科技体制机制。完善人才发展政策，制定财政科技投入统筹管理等配套政策，科技创新中心建设的政策体系基本形成。启动药品上市许可持有人制度试点，推进股权奖励递延纳税、投贷联动等先行先试。成立知识产权交易中心、国际知识产权学院，在浦东新区建立知识产权侵权查处快速反应机制。
推进智慧城市建设。提升信息基础设施服务能级，光纤宽带网络和第四代移动通信网络基本覆盖全市域。实施一批“互联网+”重点行动，建成一批便民惠民信息化平台，成立数据交易中心，城市信息化应用水平进一步提高。
2017年
一是更好地发挥自贸试验区的示范引领作用。按照继续解放思想、勇于突破、当好标杆的要求，着力加强全面深化改革和扩大开放各项措施的系统集成，力争取得更多可复制推广的制度创新成果。
对照最高标准、查找短板弱项，深化自贸试验区制度创新。完善以负面清单管理为核心的投资管理制度，进一步放宽投资准入，构建以确认商主体资格为重点的商事登记体制机制，改革企业名称登记管理方式。深化“一线放开、二线安全高效管住”的贸易监管模式，拓展国际贸易“单一窗口”功能，扩大货物状态分类监管试点，推进“区港一体化”。深入推进自贸试验区与国际金融中心建设联动，进一步拓展自由贸易账户功能，建设人民币全球服务体系，探索金融业负面清单管理模式，完善金融综合监管和功能监管机制。健全事中事后监管体系，扩大社会参与，完善监管机制，强化综合监管平台功能。在浦东新区加快构建与开放型经济相适应的政府管理新体制，探索市场准入负面清单标准化，推进商事登记管理全程电子化，逐步实现企业事务全网通办、个人事务全区通办，打造公共智能服务模式。
促进各类所有制经济共同发展。深化国资国企改革，加快推进企业集团整体上市或核心业务资产上市，推进产融结合，完善功能类、公共服务类国有企业的法人治理结构，健全考核、激励和评价机制，开展职业经理人薪酬制度改革试点。改善非公有制经济发展环境，鼓励非公有资本参与国有企业混合所有制改制，进一步落实扩大非公有制企业市场准入、平等发展的改革举措。
促进开放型经济发展。加强与“一带一路”沿线地区的经贸、金融等合作，支持装备走出去和国际产能合作，推进外贸“优进优出”，加强引进外资工作，鼓励在沪跨国公司拓展贸易、研发、结算等全球营运功能。积极参与长江经济带生态大保护和基础设施互联互通，促进长三角一体化发展，继续帮助对口支援地区脱贫攻坚。
二是全面推进科技创新中心建设。深入实施创新驱动发展战略，进一步推进自主创新和科技成果产业化，切实把创新落实到创造新的增长点上。
着力提高科技创新能力。集中力量建设张江综合性国家科学中心，依托重大科技基础设施群筹划国家实验室，集聚创新单元、研究机构和研发平台，构建协同创新网络，研究部署若干大科学计划。继续构筑功能型创新平台，启动新建、提升改造和培育引导智能制造、生物医药、集成电路等一批共性技术研发与转化平台。聚力建设创新集聚区，培育壮大创新型企业，引领发展高科技产业，增强张江国家自主创新示范区的辐射带动能力。大力推动大众创业、万众创新，鼓励大企业、科研院所创办各类众创空间，进一步提升众创空间的国际化、专业化水平。
深入推进全面创新改革试验。健全市场导向的科技成果转移转化机制，扩大高校和科研院所的科研自主权，完善企业技术创新鼓励政策，促进科技服务业发展。加强开放创新，推进跨境研发活动便利化。加大金融服务创新的力度，引导和支持天使投资、风险投资加快发展。深化知识产权综合管理改革，构建多元化知识产权保护体系，建设引领型知识产权强市。加强科学普及，发展创新文化，营造鼓励创新、宽容失败的社会氛围。
坚持向用人主体放权、为人才松绑，加快构建具有全球竞争力的人才制度体系。完善人才集聚制度，汇聚更多的科技领军人才、高技能人才和企业家。完善人才管理制度，创新人才管理方式，扩大高校和科研院所的岗位聘任、考核评价、收入分配等管理权，支持行业企业自主开展职称评审。完善人才激励机制，健全科研人员绩效评价和奖励机制，探索有利于体现人才创新价值的科研经费管理制度。完善人才宜居环境，改善人才住房、就医和子女就学等条件，进一步激发各类人才的创新创业活力。