2016年3月，习近平总书记明确指出自贸试验区要建设法治化国际化便利化的营商环境。投资便利化作为营商环境的关键要素，首次被提升到与法治化、国际化同等重要的高度。随着南沙自贸试验区改革进入第三年，投资便利化成了检验改革红利的重要方面，南沙交出了一张令人满意的答卷。
截至2016年11月，南沙实现市场监管、国税、地税、公安、发改、投促、人社、海关、检验检疫、人行广州分行、公积金中心等部门的《营业执照》《组织机构代码证》《税务登记证(国、地税)》《社会保险登记证》《外商投资企业备案证明》《对外贸易经营者备案登记表》《食品经营许可证》《海关报关单位注册登记证书》等和公章、财务章、报检专用章“十三证三章”联办。多数申请人仅需往返“一口受理”窗口两次，最快一个工作日可领取以上证章。
此外，南沙2016年正式启动“证照分离”改革试点工作，选取132项后置审批事项按照“取消”、“改备案”、“告知承诺”进行了分类梳理，改革事项数量全国最多、力度最大。其中，60项区级事权已经在南沙落地、系统实施。
自贸试验区改革红利的渐次释放，吸引投资者纷至沓来。自2015年4月自贸区挂牌以来，全区新增企业22949户，全区企业总数比挂牌前增长了两倍多。
自贸区挂牌以来，南沙制度创新取得重大进展。从最初复制上海自贸试验区的“负面清单”到四大自贸试验区共用一张“负面清单”，再到“负面清单”模式推广到全国，南沙自贸区挂牌一年多来，以“负面清单”为核心的投资管理制度基本建立，成为制度创新引领者。
近期，国务院将自贸区19条创新经验在全国复制推广，第一条便是“负面清单”管理模式，自贸区新修订即将出台的《外商投资产业指导目录》将对外商投资的限制性措施继续大幅放宽。
南沙自贸区，既有四大自贸区统一的负面清单，又有与港澳地区以“准入前国民待遇+负面清单”方式签署的自由贸易协议，形成了粤港澳负面清单与自贸区负面清单的“双负面清单叠加”优势。负面清单以外的领域，按照内外资一致的原则，由审批制改为备案制，并编制了外商投资备案办事指南，服务前来投资落户的外资项目投资者。
实施备案后，南沙自贸试验区对负面清单以外的领域由原办理外资审批需5个工作日、提交章程等8项申报材料，缩减为3个工作日、仅需提供备案申报表等3项材料，且一般无需前置审批文件，从时间和形式上全面简化了企业办事手续。在此基础上，南沙自贸试验区还开通了外商投资企业备案系统，并与区内的企业登记“一口受理”政务系统对接，为外资投资者提供网上全流程办理服务。
据统计，2016年共有286家外资企业投资备案，涉及贸易、融资租赁、物流、科技服务等领域。
在自贸区挂牌的一年多里，南沙自贸试验区围绕政府职能转变，顺利完成开发区、自贸试验区和行政区机构改革，大力实施简政放权、行政审批动态调整和标准化操作，变原来的前置审批管理为加强事中事后监管。目前，南沙自贸试验区的市场准入前置审批事项，已经由改革前的101项压缩为12项，锐减88%。
对于其他199项区级行政审批事项，南沙自贸试验区也按照“时间最短、材料最简”原则，对行政审批事项时间和材料进行了大幅压减和优化。其中，165项进行了办结时间优化，154项进行材料简化。时间累计减少791个工作日，压缩率52.95%，减少材料560件，压减率49.56%，政府行政效能不断提高。在552项综合窗口业务中，91.5%业务的承诺办理时限进行了优化缩减，业务的承诺办理时限平均缩减近49.2%，部分业务办理时限缩减高达90%以上，有近40项业务可实现当日办结，极大提高了审批效率。
在南沙政务服务中心集中审批办公室，数十名专业“审批人员”已进驻到位，超过130项审批事项拟在这里集中审批。一个新的行政审批局不久将正式挂牌。
据了解，南沙行政审批局筹备组将开发区（自贸区南沙片区）发改局等9个职能部门共183项事项纳入相对集中行政许可权改革，目前已基本实现“三集中三到位”，推出了即审即办、企业设立电子签名等多项创新举措。拟划转到行政审批局直接审批的事项超130项，涉及发改、国土规划、市场监督管理局等7个部门。启用行政审批专用章，实现“一颗印章管审批”，进一步从“集中审批”到“一颗印章管审批”。